Стварна надлежност Врховног суда Федерације прописана је чланом 29. Закона о судовима у Федерацији Босне и Херцеговине („Службене новине Федерације Босне и Херцеговине“ број: 38/05 од 04.07. 2005. године, а ступио на снагу 12.07.2005. године) и односи се на одлучивање о редовним правним лијековима против одлука кантоналних судова, ако је то законом одређено; одлучивање о ванредним правним лијековима против правомоћних одлука судова када је то законом одређено; одлучивање о правним лијековима против одлука својих вијећа, ако законом није другачије одређено; рјешавање сукоба надлежности између кантоналних и опћинских судова са подручја различитих кантона, ако законом није другачије одређено; одлучивање о преношењу мјесне надлежности са једног суда на други суд када је то одређено законом.

Врховни суд Федерације обавља и друге послове утврђене законом, осим оних из надлежности Уставног суда Федерације Босне и Херцеговине, а може имати и изворне надлежности, ако су утврђене федералним законима.