Stvarna nadležnost Vrhovnog suda Federacije propisana je članom 29. Zakona o sudovima u Federaciji Bosne i Hercegovine („Službene novine Federacije Bosne i Hercegovine“ broj: 38/05 od 04.07. 2005. godine, a stupio na snagu 12.07.2005. godine) i odnosi se na odlučivanje o redovnim pravnim lijekovima protiv odluka kantonalnih sudova, ako je to zakonom određeno; odlučivanje o vanrednim pravnim lijekovima protiv pravomoćnih odluka sudova kada je to zakonom određeno; odlučivanje o pravnim lijekovima protiv odluka svojih vijeća, ako zakonom nije drugačije određeno; rješavanje sukoba nadležnosti između kantonalnih i općinskih sudova sa područja različitih kantona, ako zakonom nije drugačije određeno; odlučivanje o prenošenju mjesne nadležnosti sa jednog suda na drugi sud kada je to određeno zakonom.

Vrhovni sud Federacije obavlja i druge poslove utvrđene zakonom, osim onih iz nadležnosti Ustavnog suda Federacije Bosne i Hercegovine, a može imati i izvorne nadležnosti, ako su utvrđene federalnim zakonima.