Sekretarijat Vijeća uspostavljen je preuzimanjem 30 zaposlenih i aktive bivše OHR-ove Nezavisne pravosudne komisije (IJC) u junu 2004. godine. Na ovim osnovama Sekretarijat se dalje institucionalno razvijao i jačao, pružajući podršku Vijeću u svim segmentima utvrđenim zakonom, i to:

• imenovanja nosilaca pravosudnih dužnosti, 
• disciplinska odgovornost sudija i tužilaca, 
• priprema sjednica Vijeća i izvršenje odluka, 
• edukacija sudija i tužilaca, 
• pravosudna uprava i statistika, 
• informaciona i komunikacijska tehnologija, 
• budžeti pravosudnih institucija, 
• projekti reforme pravosuđa.

Nadležnosti Sekretarijata
Stručne, finansijske i administrativne poslove Vijeća obavlja Sekretarijat, pod nadzorom predsjednika i dva potpredsjednika Vijeća.

U poslove Sekretarijata spada, između ostalog, pružanje administrativne podrške, obavljanje pravnog, finansijskog i drugog istraživanja neophodnog kako bi Vijeće ostvarivalo svoj mandat u skladu sa zakonom, kao i davanje strateških savjeta o pitanjima vezanim za izvršavanje mandata Vijeća.

Također, Sekretarijat izrađuje nacrte odluka koje donosi Vijeće, izvršava odluke koje usvaja Vijeće i redovno izvještava Vijeće o svojim aktivnostima. Sekretarijat je nadležan i za izradu prijedloga godišnjeg budžeta i godišnjeg izvještaja Vijeća, koje pregledaju predsjednik i dvojica potpredsjednika Vijeća.

Menadžment Sekretarijata

Sekretarijat Vijeća ima direktora i zamjenika direktora, koji su odgovorni Vijeću. Direktora i zamjenika direktora imenuje i razrješava Vijeće u skladu sa odredbama Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. Mandat direktora i mandat zamjenika direktora ograničen je na period od četiri godine. Mandat direktora i zamjenika direktora može se produžavati svake četiri godine.

Direktor je odgovoran za sveukupno obavljanje stručnih, finansijskih i administrativnih poslova Sekretarijata, za izvršenje budžeta kojeg usvaja Vijeće, kao i za ostale poslove o kojima odluči Vijeće.

Zamjenik direktora je odgovoran za nadzor nad pripremom sjednica Vijeća i nadzor nad izvršenjem odluka Vijeća, kao i za ostale poslove o kojima odluči Vijeće. Zamjenik direktora zamjenjuje direktora u njegovom odsustvu.

Kadrovska struktura

Sekretarijat ima uposlenike koji mu omogućavaju efikasno obavljanje zadataka u skladu sa zakonom. Državne službenike u Sekretarijatu imenuje i razrješava komisija u čijem sastavu je član Vijeća kojeg Vijeće izabere, direktor i zamjenik direktora, u skladu sa odredbama Zakona o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. Uposlenike Sekretarijata koji nemaju status državnih službenika imenuje i razrješava komisija u čijem sastavu je član Vijeća kojeg Vijeće izabere, direktor i zamjenik direktora u skladu sa zakonima Bosne i Hercegovine iz oblasti radnih odnosa.

Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji radnih mjesta predviđene su 102 pozicije, od kojih su trenutno popunjene 83 pozicije. Proces zapošljavanja usklađen je sa budžetskim mogućnostima odnosno odlukama nadležnih tijela kojima se ograničava rast broja zaposlenih lica u državnim institucijama, iako potrebe prevazilaze trenutni broj zaposlenih. Imajući u vidu obim i kompleksnost poslova, upravo je nedovoljna kadrovska popunjenost jedan od najvećih izazova sa kojima se Sekretarijat suočava u obavljanju svojih funkcija.

Pored stalno zaposlenih, u Sekretarijatu je trenutno zaposleno 55 stručnih osoba različitih profesija (programeri, IKT tehničari, analitičari, itd.) koji su angažirani na projektnim aktivnostima koje neposredno provodi Vijeće i čiji se angažman finansira iz projektnih sredstava. Trenutno se provode tri projekta kako slijedi:

• Projekat unapređenja efikasnosti pravosuđa 
• Projekat podrške pravosuđu u BiH; Jačanje uloge tužilaca u sistemu krivičnog pravosuđa
• Projekat predpristupne pomoći EU (IPA 2012/2013)